Il percorso che porta alla nascita della Pinacoteca si intreccia, nel tempo, con lo sviluppo di diverse istituzioni che avevano sede negli spazi dell’odierno Palazzo dei Musei.
1778: nasce la Scuola di Disegno;
1831: è istituita la Società d’Incoraggiamento allo Studio del Disegno, che la prende in gestione;
1838: è fondata la Scuola Barolo di intaglio del legno, intitolata al suo promotore, il Marchese torinese Carlo Tancredi Falletti di Barolo;
1875: nasce la Società per la Conservazione delle Opere d’Arte e dei Monumenti in Valsesia; tra i suoi scopi c’è l’istituzione di una Pinacoteca;
1885:nell’ambito delle celebrazioni in onore di Gaudenzio Ferrari, è inaugurata l’Esposizione Artistica Valsesiana;
1886: da un primo nucleo di opere provenienti dalla mostra nasce la Pinacoteca delle origini, costituita da due sale.
1939-1957: sotto la guida del pittore Emilio Contini, primo Conservatore del museo, il patrimonio accresce e arriva ad occupare oltre venti sale;
1960: sotto la guida dell’Ingegnere valsesiano Giorgio Rolandi, presidente della Società per la Conservazione, è inaugurato il riallestimento della Pinacoteca.
2002: è inaugurato il salone dedicato a Tanzio da Varallo;
2005: sono riallestite le sale dedicate a Gaudenzio Ferrari e al Rinascimento;
2009-2015: sono rinnovati gli spazi che ospitano le collezioni del secondo Seicento e del Settecento;
2018: la Pinacoteca ospita la mostra Il Rinascimento di Gaudenzio Ferrari.